Mejor respuesta
El padre Junipero Serra, quien fundó la mayoría de las misiones católicas en California, era un fraile de la Orden Franciscana , es decir, la orden fundada por San Francisco de Asís . La misión establecida en el área cercana a la punta de la península fue Misión San Francisco de Asís , y es a partir de esa misión, llamada así por San Francisco, que la ciudad heredó su nombre.
Respuesta
San Francisco lleva el nombre de San Francisco. El primer asentamiento español en San Francisco se construyó en 1776 y se llamó Misión San Francisco de Asís, y hoy se llama Misión Dolores.
http://en.wikipedia.org/wiki/Francis\_of\_Assisi http://en.wikipedia.org/wiki/Mission\_San\_Francisco\_de\_As\%C3\%ADs