Migliore risposta
Ci sono 3 buone risposte ma mi è stato chiesto di aggiungere a questo argomento in modo da poter amplificare una poco. Un “gene” potrebbe essere un gene regolatore che non codifica per proteine, ci sono tutti i tipi di geni. Ci sono geni per tRNA, rRNA, ecc. Un ORF o un frame di lettura aperto è una corrispondenza esatta con la domanda: il codice ORF per la proteina anche se alcuni di essi non producono mai una proteina reale nella cellula. Una delle differenze tra un gene STRUTTURALE (che produce una proteina) e un ORF è che ci sono altre cose che fanno esprimere un gene – per esempio ci deve essere una regione promotore (nel DNA batterico) che “attira lattenzione” della RNA Polimerasi Alcuni ORF non hanno promotore, quindi non vengono mai trasformati in RNA. Deve esserci un sito di legame del ribosoma (nei batteri) in modo che una volta trascritto il DNA in mRNA, il ribosoma “si interessi” a ricavarne proteine. Un ORF potrebbe facilmente mancare di questo. Ammetto che non sono un esperto di espressione eucariotica: la struttura della cromatina rende le cose molto più difficili. E penso che ci siano molti fattori di trascrizione ecc. Che devono essere al posto giusto per far sì che si verifichi lespressione genica.
Risposta
Alcuni codificano RNA che ha una funzione indipendente e non si traduce in proteine.
Alcuni di essi codificano sequenze regolatorie per le parti che codificano RNA e proteine.
Almeno la metà è nota per non avere una funzione significativa. Questa parte include geni “fossili” disabilitati da mutazioni, i resti inattivati di sequenze virali precedentemente inserite nel genoma tramite infezioni virali in un lontano passato e sequenze di DNA parassitario che saltellano intorno al genoma lasciando copie extra di se stessi ovunque.
La parte rimanente non ha una funzione nota, ma per la quale alcune funzioni ancora sconosciute non sono state escluse.
Una nota qui sui risultati di ENCODE:
Lo studio ENCODE ha notoriamente scoperto che l80\% del genoma umano aveva “attività biologica”.
Tuttavia “attività biologica” NON è la stessa di “funzione”.
Lo studio ENCODE utilizzato una, diciamo, definizione molto ampia di “attività biologica”. Fondamentalmente, se una sequenza si attaccava a una qualsiasi proteina con anche la minima affinità, anche nel modo più aspecifico, o veniva trascritta anche in misura minima, contava come “biologicamente attiva”.
Quindi un vecchio virale retrò sequenza che conservava ancora quel tanto che basta della sua vecchia sequenza promotrice per legare brevemente un complesso di trascrizione parziale, anche se tale legame non fosse sufficiente per innescare una trascrizione reale, conterebbe in ENCODE come avente “attività biologica”.
A il gene del salto parassitario nellatto di copiare se stesso e saltare in una nuova posizione sarebbe considerato dotato di “attività biologica”.
Un gene morto con una mutazione del frame shift che produce un mRNA senza senso che non può essere tradotto proteina dovuta allassenza del codone START verrebbe considerata “biologicamente attiva”.
Un gene con una mutazione che ha prodotto un codone STOP prematuro tale da essere tradotto in una proteina spezzata troncata che non fa nulla e viene semplicemente riciclata verrebbe anche considerato “biologico ly active “.
In ognuno di questi casi di” attività biologica “sarebbe un po forzato affermare che la sequenza di DNA in questione ha una” funzione “.