Bästa svaret
Det finns 3 bra svar men jag blev ombedd att lägga till det här ämnet så att jag kan förstärka en liten. En ”gen” kan vara en reglerande gen som inte kodar för protein, det finns alla möjliga gener. Det finns gener för tRNA, rRNA etc. En ORF eller öppen läsram är en exakt matchning till frågan – ORF: s kod för protein även om vissa av dem aldrig producerar ett verkligt protein i cellen. En av skillnaderna mellan en STRUKTURELL gen (som producerar ett protein) och en ORF är att det finns några andra saker som gör att en gen blir uttryckt – till exempel måste det finnas en promotorregion (i bakteriellt DNA) som ”lockar uppmärksamheten” hos RNA-polymeras Vissa ORF har ingen promotor så att de aldrig blir RNA. Det måste finnas ett ribosombindningsställe (i bakterier) så att när du väl har transkriberat DNA i mRNA, kommer ribosomen att ”bli intresserad” av att göra protein från det. En ORF kan lätt sakna det. Jag kommer att erkänna att jag inte är expert på eukaryot uttryck – kromatinstrukturen gör saker mycket svårare. Och jag tror att det finns många transkriptionsfaktorer etc. som måste vara på rätt plats för att få genuttrycket att hända.
Svar
En del av det kodar för RNA som har oberoende funktion och översätts inte till protein.
En del av det kodade reglerande sekvenser för de delar som kodar för RNA och proteiner.
Minst hälften av det är känt för att inte ha någon signifikant funktion. Denna del innefattar ”fossila” gener som inaktiverats av mutationer, de inaktiverade resterna av virussekvenser som tidigare införts i genomet via virusinfektioner i det avlägsna förflutna och parasitära DNA-sekvenser som hoppar runt genomet och lämnar extra kopior av sig själva överallt.
Den återstående delen har ingen känd funktion, men för vilken ännu en okänd funktion inte har uteslutits.
En anmärkning här om ENCODE-resultatet:
ENCODE-studien fann berömt att 80\% av det mänskliga genomet hade ”biologisk aktivitet”.
Men ”biologisk aktivitet” är INTE samma som ”funktion”.
ENCODE-studien som används a, ska vi säga, mycket bred, definition av ”biologisk aktivitet”. I grund och botten, om en sekvens fastnade på något protein med till och med den minsta affiniteten, även på det mest ospecifika sättet, eller transkriberades till och med i minsta grad, räknades den som ”biologiskt aktiv”.
Så en gammal retroviral sekvens som fortfarande behöll precis tillräckligt med sin gamla promotorsekvens för att kort binda ett partiellt transkriptionskomplex, även om sådan bindning var otillräcklig för att utlösa någon verklig transkription, skulle i KODA räknas som ”biologisk aktivitet”.
A parasitisk hoppgen genom att kopiera sig själv och hoppa till en ny plats skulle räknas som ”biologisk aktivitet”.
En död gen med en ramförskjutningsmutation som producerar ett gibberish mRNA som inte kan översättas till en protein på grund av att det inte hade något START-kodon skulle räknas som ”biologiskt aktivt”.
En gen med en mutation som producerade ett för tidigt STOP-kodon så att det översätts till ett trunkerat brutet protein som inte gör någonting och bara återvinns skulle också räknas som ”biologisk ly aktivt.
I något av dessa fall av ”biologisk aktivitet” skulle det vara ganska långt att hävda att DNA-sekvensen i fråga har en ”funktion”.