Bedste svar
Rediger: Der er tilsyneladende flere definitioner af fylogenetisk begrænsning. Den ene vedrører grundlæggende kropsplan og den anden, der bruges i fylogenetisk trærekonstruktion. Mit svar vedrører den anden definition.
Jeg er nødt til at forsøge at forsigtigt introducere feltet beregningsfylogenetik, hvorefter jeg fortsætter med at forklare, hvad en fylogenetisk begrænsning er.
Fylogenetik er forskningen felt, der beskæftiger sig med rekonstruktion af et artss evolutionære historie. Denne evolutionære historie antages at have form af et træ, også kendt som fylogenetisk træ. Den berømte illustration af Darwin, som også er logoet for dette emne, er et eksempel på et sådant fylogenetisk træ.
Bladene på det fylogenetiske træ er normalt arter, der findes i dag. Hvert blad er forbundet med træet med en gren. Hvis du vælger et par blade og følger deres grene, når du et enkelt forgreningspunkt. Dette interne forgreningspunkt er den seneste fælles forfader til disse to blade. Ved den samme logik er roden stamfar til alle bladene.
Et emne af stor interesse for fylogenetiksamfundet er at rekonstruere det fylogenetiske træ ved hjælp af nogle oplysninger, der har udviklet sig fra roden til alle efterkommere . For eksempel kunne man se på sekvensen af et bestemt gen, der er til stede i alle arterne. Da dette gen udviklede sig fra forfader til efterkommer, akkumulerer det ændringer i dets sekvenser. Vi kan derefter sammenligne, hvor ens hvert par af sekvenser er, og forsøge at bygge det mest sandsynlige fylogenetiske træ.
Der er mange måder at prøve at finde det bedste træ på. En måde er at søge blandt alle mulige træer, score hver af dem og derefter vælge det træ med den bedste score. Dette er et særligt grimt problem, fordi antallet af træer, som man skal søge igennem, er astronomisk stort.
Hvis man ved på forhånd, at en undergruppe af arter danner en undergruppe, der er nært beslægtede, kan man begrænse søgealgoritmen til kun at se efter de træer, hvor denne undergruppe af arter danner et undertræ.
Denne begrænsning af det fylogenetiske træs topologi er den fylogenetiske begrænsning. Placering af sådanne begrænsninger reducerer antallet af træer, som søgealgoritmen skal overveje, og reducerer dermed den tid, der bruges på at søge efter det bedste træ.
Se monofyly og clades på wikipedia for illustrative eksempler på sådanne undertræer. p>
Svar
Der er et par misforståelser implicitte i dit spørgsmål, som jeg vil rydde op, inden jeg besvarer.
Først er “Punktueret ligevægt” faktisk ikke en “ny” teori. Darwin var opmærksom på denne mulighed for over 150 år siden. “Punctuated Equilibrium” er ikke et “alternativ” til Darwins teori, men en forfining af den. P.E. grundlæggende siger, at hastigheden af morfologisk ændring ikke er konstant; nogle gange gennemgår slægter hurtige morfologiske ændringer, når de er i mere udfordrende miljøer, og sætter sig derefter ned i relativ morfologisk stasis, når befolkningen bliver velegnet til det miljø, så der er ikke en konstant, langsom, gradvis ændring i morfologi, men en uregelmæssig “Tempo” for at ændre, som nogle gange er hurtigere, nogle gange langsommere.
Hvis en befolkning f.eks. Udvider sig fra en skov til en græsareal, vil de personer, der allerede er godt tilpasset skoven, forblive temmelig stabile, men befolkningen, der flyttede til græsarealerne, vil ændre sig meget hurtigere.
Græsarealpopulationen ændrer sig stadig “langsomt” gennem den darwinistiske proces med “gradualisme”, men de skifter hurtigere end deres “fætre”, der blev tilbage i skoven. P.E. er bare en erkendelse af, at valg finder sted i et andet “tempo” eller “hastighed” i nogle miljøer end i andre.
Andet: forestillingen om et “manglende link” er baseret på en gammel (faktisk klassisk græsk) tro på en “ Great Chain of Being , som ikke inkluderede muligheden af evolution overhovedet. Det var simpelthen en antagelse om, at forskellige arter kunne “rangeres” i en rækkefølge, der nærmede sig perfektion. Det antog, at arter kunne sorteres i grupper i rækkefølge efter, hvor meget vi kan lide dem, snarere end i rækkefølge, hvor tæt relaterede de er. Den “store kæde af væren” antog, at alle arter var “faste og uforanderlige”, og at vi havde en eller anden måde at sige, at en haj var “bedre” end en tiger, eller en kanin var “bedre” end et æbletræ.
For det meste foreslog den “store kæde af væren”, at “hvis det er mere som mig, er det bedre, fordi jeg er sej og god.”
Det var menneskeligt narcissisme og intet mere.
Tredje: “Makroevolution” er intet mere, intet mindre og intet andet end forståelsen af, at en hel masse små ændringer kan udgøre en stor forskel. Hvis du tager et skridt, har du rejst en “mikrotur”. Hvis du tager 5000 trin, har du gået en kilometer. En kilometer er ikke en anden slags afstand fra et trin. Det er en forskel på mængder trin.