Paras vastaus
Muokkaa: Fylogeneettiselle rajoitukselle on ilmeisesti useita määritelmiä. Yksi liittyy kehon perussuunnitelmaan ja toista käytetään filogeneettisen puun jälleenrakentamiseen. Vastaukseni koskee toista määritelmää.
Minun on yritettävä esitellä varovasti laskennallisen filogenetiikan ala, jonka jälkeen jatkan selittämistä, mikä on filogeneettinen rajoitus.
Fylogenetiikka on tutkimus kenttä, joka koskee lajien joukon evoluutiohistorian rekonstruointia. Tämän evoluutiohistorian oletetaan ottavan puun, joka tunnetaan myös nimellä filogeneettinen puu. Darwinin kuuluisa kuvitus, joka on myös tämän aiheen logo, on esimerkki tällaisesta filogeneettisestä puusta.
Fylogeneettisen puun lehdet ovat yleensä nykyään olemassa olevia lajeja. Jokainen lehti on kytketty puuhun oksalla. Jos valitset minkä tahansa lehtiparin ja seuraat niiden haaroja, saavutat yhden haarautumispisteen. Tämä sisäinen haarautumispiste on näiden kahden lehden viimeisin yhteinen esi-isä. Saman logiikan mukaan juuri juuri on kaikkien lehtien esi-isä.
Fylogeneettisen yhteisön kannalta erittäin kiinnostava aihe on filogeneettisen puun rekonstruointi käyttämällä juuresta kaikille jälkeläisille kehittyvää tietoa. . Esimerkiksi voitaisiin tarkastella tietyn geenin sekvenssiä, jota esiintyy kaikissa lajeissa. Kun tämä geeni kehittyy esi-isästä jälkeläiseksi, se kerää muutoksia sekvensseihinsä. Voimme sitten verrata kuinka samanlaisia kukin sekvenssipari on ja yrittää rakentaa todennäköisin filogeneettinen puu.
Voit löytää parhaan puun monella tapaa. Yksi tapa on etsiä kaikkien mahdollisten puiden joukosta pisteyttämällä kukin niistä ja valitsemalla sitten puu, jolla on parhaat pisteet. Tämä on erityisen ikävä ongelma, koska puiden määrä, jonka täytyy etsiä, on tähtitieteellisesti suuri.
Tämä filogeneettisen puun topologiaa koskeva rajoitus on filogeneettinen rajoitus. Tällaisten rajoitusten asettaminen vähentää puiden määrää, jotka hakualgoritmin on otettava huomioon, ja vähentää siten aikaa, joka kuluu parhaan puun etsimiseen.
Katso havainnollistavia esimerkkejä tällaisista alipuista etsimällä monofonisesti ja puhdistamalla wikipediasta.
Vastaus
Kysymyksessäsi on muutamia väärinkäsityksiä, jotka haluan selvittää ennen vastaamista.
Ensinnäkin , ”välitön tasapaino” ei oikeastaan ole ”uusi” teoria. Darwin oli tietoinen mahdollisuudesta yli 150 vuotta sitten. ”Välissä oleva tasapaino” ei ole ”vaihtoehto” Darwinin teorialle, vaan sen hienosäätö. P.E. toteaa periaatteessa, että morfologisen muutosnopeus ei ole vakio; joskus sukulinjat muuttuvat nopeasti morfologisesti muuttuessaan haastavammissa ympäristöissä ja asettuvat sitten suhteelliseen morfologiseen staasiin, kun populaatio soveltuu hyvin kyseiseen ympäristöön, joten morfologiassa ei ole jatkuvaa, hidasta, asteittaista muutosta, vaan epäsäännöllinen ”Tempo” muutokseen, joka on toisinaan nopeampi, toisinaan hitaampi.
Jos väestö laajenee esimerkiksi metsästä nurmeksi, jo hyvin metsään sopeutuneet yksilöt pysyvät melko vakaina, mutta nurmialueille muuttanut väestö muuttuu paljon nopeammin.
Nurmien populaatio muuttuu edelleen ”hitaasti” darwinilaisen ”asteittaisuuden” prosessin kautta, mutta ne muuttuvat nopeammin kuin ”serkut”, jotka pysyivät metsässä. P.E. on vain tunnustus siitä, että valinta tapahtuu eri tempoilla tai nopeuksilla joissakin ympäristöissä kuin toisissa.
Toinen: ”puuttuvan linkin” käsite perustuu muinaiseen (oikeastaan klassisen kreikkalaisen) uskoon ” olemisketjuun , johon ei sisältynyt mahdollisuutta evoluution ollenkaan. Se oli yksinkertaisesti oletus, että eri lajit voitaisiin ”luokitella” täydellisyyden lähentämisjärjestykseen. Siinä oletettiin, että lajit voidaan lajitella ryhmiin sen mukaan, kuinka paljon me pidämme niistä, sen sijaan, kuinka tarkasti liittyvät he ovat. ”Suuren olemisen ketju” oletti, että kaikki lajit olivat ”kiinteitä ja muuttumattomia” ja että meillä oli jokin tapa sanoa, että hai oli ”parempi” kuin tiikeri tai pupu-kani oli ”parempi” kuin omenapuu.
Suurin osa ”olemisketjusta” ehdotti, että ”jos se on enemmän kuin minä, se on parempi, koska olen viileä ja hyvä.”
Se oli ihmistä narsismi, eikä mitään muuta.
Kolmas: ”Makroevoluutio” ei ole muuta, ei vähempää, eikä mitään muuta kuin ymmärtäminen, että koko joukko pieniä muutoksia voi lisätä jopa suuren eron. Jos otat askeleen, olet matkustanut ”mikrokävelyn”. Jos otat 5000 askelta, olet kävellyt mailin. Maili ei ole erilainen etäisyys askeleesta. Se on erojen vaiheiden ero.