Legjobb válasz
Szerkesztés: A filogenetikai kényszer nyilvánvalóan többféle meghatározást tartalmaz. Az egyik az alaptestre vonatkozik, a másik pedig a filogenetikai fa rekonstrukciójában. Válaszom a második meghatározásra vonatkozik.
Meg kell próbálnom finoman bevezetni a számítási filogenetika területét, majd elmagyarázom, mi a filogenetikai kényszer.
A filogenetika a kutatás a fajhalmaz evolúciós történetének rekonstrukciójával foglalkozó terület. Feltételezzük, hogy ez az evolúció története egy fa, más néven filogenetikai fa alakját ölti fel. Darwin híres illusztrációja, amely egyben a téma logója is, egy ilyen filogenetikai fa példája.
A filogenetikai fa levelei általában ma létező fajok. Minden levél egy ággal kapcsolódik a fához. Bármelyik levélpárot kiválasztva az ágakat követve egyetlen elágazási pontot ér el. Ez a belső elágazási pont e két levél legújabb közös őse. Ugyanezen logika szerint a gyökér az összes levél őse.
A filogenetikai közösségben nagy érdeklődésre tarthat számot a filogenetikai fa rekonstrukciója a gyökérből az összes leszármazotattá fejlődött információ felhasználásával. . Megnézhetjük például egy adott gén szekvenciáját, amely az összes fajban jelen van. Amint ez a gén ősökről leszármazottakra fejlődött, változásokat halmoz fel szekvenciáiban. Ezután összehasonlíthatjuk az egyes szekvenciapárok hasonlóságát, és megpróbálhatjuk felépíteni a legvalószínűbb filogenetikai fát.
Sokféleképpen próbálhatja megtalálni a legjobb fát. Az egyik módszer az, hogy keressen az összes lehetséges fa között, pontozva mindegyiket, majd kiválasztva a legjobb pontszámú fát. Ez különösen csúnya probléma, mert csillagok szerint nagy a fák száma, amelyeken át kell kutatnia.
Ha valaki kézből tudja, hogy a fajok egy részhalmaza szoros kapcsolatban álló alcsoportot alkot, akkor a keresési algoritmust arra korlátozhatja, hogy csak azokat a fákat keresse, ahol a fajok ez a részhalmaza részfát alkot.
Ez a filogenetikai fa topológiájára vonatkozó korlátozás a filogenetikai kényszer. Az ilyen megszorítások csökkentik a fák számát, amelyeket a keresési algoritmusnak figyelembe kell vennie, és ezáltal csökken a legjobb fa keresésére fordított idő.
Kérjük, keresse meg monofón módon és klónozza a wikipédián az ilyen részfák szemléltető példáit.
Válasz
Van néhány tévhit a kérdésében, amelyet tisztázni szeretnék, mielőtt válaszolok.
Először , a „központosított egyensúly” valójában nem „új” elmélet. Darwin több mint 150 évvel ezelőtt tudott erről a lehetőségről. A „központosított egyensúly” nem „alternatíva” Darwin elméletének, hanem annak finomítása. P.E. alapvetően kijelenti, hogy a morfológiai változás mértéke nem állandó; néha a vonalak gyors morfológiai változáson mennek keresztül, amikor nagyobb kihívásokkal küzdő környezetben vannak, majd viszonylagos morfológiai stázisba rendeződnek, amint a populáció jól alkalmazkodik az adott környezethez, tehát a morfológiában nem állandó, lassú, fokozatos változás, hanem szabálytalan A változás tempója néha gyorsabb, néha lassabb.
Ha például egy populáció erdőből gyepre terjeszkedik, akkor az erdőhöz már jól alkalmazkodó egyedek meglehetősen stabilak maradnak, de a gyepekre költözött népesség sokkal gyorsabban változik.
A gyep populációja a darwini „fokozatosság” folyamatán keresztül még mindig „lassan” változik, de gyorsabban változnak, mint „unokatestvéreik”, akik megmaradtak az erdőben. P.E. csupán annak felismerése, hogy a szelekció bizonyos környezetekben más „tempóval” vagy „sebességgel” történik, mint másokban.
Második: A „hiányzó láncszem” fogalma a „ lény nagy láncolata ősi (valójában klasszikus görög) hitén alapszik, amely nem tartalmazta a lehetőséget az evolúció egyáltalán. Egyszerűen feltételezés volt, hogy a különböző fajokat a tökéletességhez való közelítés sorrendjében lehet „rangsorolni”. Feltételezte, hogy a fajokat csoportokba lehet rendezni, annak sorrendjében, hogy mennyire tetszik , nem pedig annak, hogy milyen szorosan ők. A „lény nagy láncolata” azt feltételezte, hogy minden faj „rögzített és változatlan”, és valamilyen módon azt mondhatjuk, hogy a cápa „jobb”, mint egy tigris, vagy a nyuszi nyúl „jobb”, mint egy almafa.
A „nagy létlánc” többnyire azt javasolta, hogy „ha inkább hasonlít rám, akkor jobb, mert jó vagyok és jó.”
Emberi volt nárcizmus, és semmi más.
Harmadik: A „makroevolúció” nem más, nem kevesebb, és nem más, mint annak megértése, hogy egy csomó apró változás nagy különbséget jelenthet. Ha tesz egy lépést, akkor egy „mikro-sétát” tett meg. Ha 5000 lépést tesz meg, akkor megtett egy mérföldet. A mérföld nem különbözik a lépéstől . lépések összegének különbsége.