Meilleure réponse
Edit: Il existe apparemment plusieurs définitions de la contrainte phylogénétique. Lun concerne le plan corporel de base et lautre qui est utilisé dans la reconstruction darbres phylogénétiques. Ma réponse concerne la deuxième définition.
Jai essayé dintroduire doucement le domaine de la phylogénétique computationnelle après quoi je continue à expliquer ce quest une contrainte phylogénétique.
La phylogénétique est la recherche domaine concerné par la reconstruction de lhistoire évolutive dun ensemble despèces. Cette histoire évolutive est supposée prendre la forme dun arbre, également connu sous le nom darbre phylogénétique. La célèbre illustration de Darwin qui est également le logo de ce sujet est un exemple dun tel arbre phylogénétique.
Les feuilles de larbre phylogénétique sont généralement des espèces qui existent aujourdhui. Chaque feuille est reliée à larbre avec une branche. Si vous choisissez une paire de feuilles et suivez leurs branches, vous atteindrez un seul point de ramification. Ce point de ramification interne est lancêtre commun le plus récent de ces deux feuilles. Dans la même logique, la racine est lancêtre de toutes les feuilles.
Un sujet de grand intérêt dans la communauté phylogénétique est celui de la reconstruction de larbre phylogénétique en utilisant des informations qui ont évolué de la racine à tous les descendants . Par exemple, on pourrait regarder la séquence dun gène particulier qui est présent dans toutes les espèces. Au fur et à mesure que ce gène évoluait dancêtre en descendant, il accumule des changements dans ses séquences. Nous pouvons alors comparer la similitude de chaque paire de séquences et essayer de construire larbre phylogénétique le plus probable.
Il existe de nombreuses façons dessayer de trouver le meilleur arbre. Une façon consiste à rechercher parmi tous les arbres possibles, en notant chacun deux, puis en sélectionnant larbre avec le meilleur score. Cest un problème particulièrement désagréable parce que le nombre darbres que lon doit parcourir est astronomiquement grand.
Si lon sait à lavance quun sous-ensemble despèces forme un sous-groupe étroitement lié, alors on peut contraindre lalgorithme de recherche à ne rechercher que les arbres où ce sous-ensemble despèces forme un sous-arbre.
Cette contrainte sur la topologie de larbre phylogénétique est la contrainte phylogénétique. Placer de telles contraintes réduit le nombre darbres que lalgorithme de recherche doit prendre en compte et réduit ainsi le temps passé à rechercher le meilleur arbre.
Veuillez rechercher monophyly et clades sur wikipedia pour des exemples illustratifs de ces sous-arbres.
Réponse
Il y a quelques idées fausses implicites dans votre question que je souhaite clarifier avant de répondre.
Premièrement , «léquilibre ponctué» nest pas en fait une «nouvelle» théorie. Darwin était au courant de cette possibilité il y a plus de 150 ans. «L’équilibre ponctué» n’est pas une «alternative» à la théorie de Darwin, mais un raffinement de celle-ci. P.E. indique essentiellement que le taux de changement morphologique nest pas constant; parfois les lignées subissent un changement morphologique rapide lorsquelles se trouvent dans des environnements plus difficiles, puis sinstallent dans une stase morphologique relative une fois que la population devient bien adaptée à cet environnement, il ny a donc pas un changement constant, lent et graduel de la morphologie, mais un «Tempo» de changement parfois plus rapide, parfois plus lent.
Si une population passe dune forêt à une prairie, par exemple, les individus déjà bien adaptés à la forêt resteront assez stables, mais la population qui sest déplacée vers les prairies changera beaucoup plus rapidement.
La population des prairies évolue encore «lentement», à travers le processus darwinien de «gradualisme», mais elle évolue plus vite que ses «cousins» qui sont restés dans la foret. P.E. est juste une reconnaissance que la sélection se produit à un «tempo» ou «vitesse» différent dans certains environnements que dans dautres.
Deuxième: Le la notion de « chaînon manquant » est basée sur une croyance ancienne (en fait du grec classique) en une « Grande chaîne de lêtre , » qui nincluait pas la possibilité d’évolution du tout. Cétait simplement une hypothèse selon laquelle différentes espèces pouvaient être «classées» dans un ordre dapproximation de la perfection. Il a supposé que les espèces pouvaient être triées en groupes dans l’ordre de comme , plutôt que dans l’ordre de liés quils le sont. La «grande chaîne de lêtre» supposait que toutes les espèces étaient «fixes et immuables», et que nous avions une manière de dire quun requin était «mieux» quun tigre, ou quun lapin était «meilleur» quun pommier.
Pour lessentiel, la « grande chaîne dêtre » suggérait que « si ça me ressemble plus, cest mieux, parce que je suis cool et bon. »
Cétait humain narcissisme, et rien de plus.
Troisièmement: « Macro-évolution » nest ni plus, ni moins, et rien dautre que la compréhension que tout un tas de petits changements peut ajouter une grande différence. Si vous faites un pas, vous avez parcouru une «micro-marche». Si vous faites 5000 pas, vous avez marché un mile. Un mile nest pas un type différent de distance par rapport à une étape. Cest une différence de montants détapes.