Bästa svaret
Redigera: Det finns tydligen flera definitioner av fylogenetisk begränsning. Den ena avser grundläggande kroppsplan och den andra som används vid fylogenetisk trädrekonstruktion. Mitt svar gäller den andra definitionen.
Jag måste försöka försiktigt introducera området för beräkningsfylogenetik, varefter jag fortsätter med att förklara vad en fylogenetisk begränsning är.
Fylogenetik är forskningen fält som sysslar med att rekonstruera evolutionens historia för en uppsättning arter. Denna evolutionära historia antas ha form av ett träd, även känt som fylogenetiskt träd. Den berömda illustrationen av Darwin som också är logotypen för detta ämne är ett exempel på ett sådant fylogenetiskt träd.
Bladen av det fylogenetiska trädet är vanligtvis arter som finns idag. Varje blad är kopplat till trädet med en gren. Om du väljer ett par blad och följer deras grenar når du en enda förgreningspunkt. Denna interna förgreningspunkt är den senaste gemensamma förfadern till dessa två blad. Med samma logik är roten stamfader till alla blad.
Ett ämne av stort intresse för fylogenetikgemenskapen är att rekonstruera det fylogenetiska trädet med hjälp av viss information som har utvecklats från roten till alla ättlingar. . Man kan till exempel titta på sekvensen för en viss gen som finns i alla arter. När denna gen utvecklades från förfader till ättling ackumulerar den förändringar i dess sekvenser. Vi kan sedan jämföra hur lika varje par av sekvenser är och försöka bygga det mest troliga fylogenetiska trädet.
Det finns många sätt att försöka hitta det bästa trädet. Ett sätt är att söka bland alla möjliga träd, göra poäng på var och en och sedan välja det träd med bästa poäng. Detta är ett särskilt otäckt problem eftersom antalet träd som man måste söka igenom är astronomiskt stort.
Om man i förväg vet att en delmängd av arter bildar en undergrupp som är nära besläktade kan man begränsa sökalgoritmen att bara leta efter de träd där denna delmängd av arter bildar ett underträd.
Denna begränsning av det fylogenetiska trädets topologi är den fylogenetiska begränsningen. Genom att placera sådana begränsningar minskar antalet träd som sökalgoritmen måste ta hänsyn till och därmed minskar tiden för att söka efter det bästa trädet.
Titta på monofy och kladdar på wikipedia för illustrativa exempel på sådana underträd.
Svar
Det finns några missuppfattningar implicita i din fråga som jag vill ta reda på innan jag svarar.
Först är ”Punctuated Equilibrium” egentligen inte en ”ny” teori. Darwin var medveten om denna möjlighet för över 150 år sedan. ”Punctuated Equilibrium” är inte ett ”alternativ” till Darwins teori, utan en förfining av den. P.E. anger i princip att hastigheten för morfologisk förändring inte är konstant; ibland genomgår släktlinjer snabb morfologisk förändring när de befinner sig i mer utmanande miljöer och slår sig sedan ner i relativ morfologisk stas när befolkningen blir väl lämpad för den miljön, så det finns inte en konstant, långsam, gradvis förändring av morfologin utan en oregelbunden ”Tempo” för att ändra som ibland går snabbare, ibland långsammare.
Om en befolkning till exempel expanderar från en skog till en gräsmark, kommer de individer som redan är väl anpassade till skogen att förbli ganska stabila, men befolkningen som flyttade till gräsmarkerna kommer att förändras mycket snabbare.
Gräsmarkpopulationen förändras fortfarande ”långsamt” genom den darwinistiska processen med ”gradualism”, men de förändras snabbare än sina ”kusiner” som stannade kvar i skogen. P.E. är bara ett erkännande av att val sker i ett annat ”tempo” eller ”hastighet” i vissa miljöer än i andra.
Andra: uppfattningen om en ”saknad länk” är baserad på en forntida (faktiskt klassisk grekisk) tro på en ” Great Chain of Being , som inte inkluderade möjligheten av evolution alls. Det var helt enkelt ett antagande om att olika arter kunde ”rankas” i en ordning av approximation till perfektion. Det antogs att arter kunde sorteras i grupper i ordning efter hur mycket vi gillar dem, snarare än i hur nära relaterade de är. Den ”stora kedjan av varelsen” antog att alla arter var ”fasta och oföränderliga”, och att vi hade något sätt att säga att en haj var ”bättre” än en tiger, eller en kaninkanin var ”bättre” än ett äppelträd.
För det mesta föreslog den ”stora kedjan av att vara” att ”om det är mer som jag, är det bättre, för jag är cool och bra.”
Det var mänskligt narcissism, och inget mer.
Tredje: ”Makroevolution” är inget mer, inget mindre och inget annat än förståelsen för att en hel massa små förändringar kan utgöra en stor skillnad. Om du tar ett steg har du rest en ”mikro-promenad”. Om du tar 5000 steg har du gått en mil. En mil är inte en annan typ avståndet från ett steg. Det är en skillnad på mängder steg.