Beste svaret
Rediger: Det er tilsynelatende flere definisjoner av fylogenetisk begrensning. Den ene gjelder grunnleggende kroppsplan og den andre som brukes i fylogenetisk trerekonstruksjon. Svaret mitt gjelder den andre definisjonen.
Jeg må prøve å forsiktig introdusere feltet beregningsfylogenetikk, hvoretter jeg fortsetter med å forklare hva en fylogenetisk begrensning er.
Fylogenetikk er forskningen felt som er opptatt av å rekonstruere evolusjonshistorien til et sett av arter. Denne evolusjonære historien antas å ha form av et tre, også kjent som fylogenetisk tre. Den berømte illustrasjonen av Darwin, som også er logoen til dette emnet, er et eksempel på et slikt fylogenetisk tre.
Bladene til det fylogenetiske treet er vanligvis arter som finnes i dag. Hvert blad er koblet til treet med en gren. Hvis du plukker et par blad og følger grenene deres, vil du nå et enkelt forgreningspunkt. Dette interne forgreningspunktet er den siste felles forfaren til disse to bladene. Av samme logikk er roten stamfar til alle bladene.
Et emne av stor interesse for fylogenetikk er det å rekonstruere det fylogenetiske treet ved hjelp av noe informasjon som har utviklet seg fra roten til alle etterkommere . For eksempel kan man se på sekvensen til et bestemt gen som er tilstede i alle artene. Ettersom dette genet utviklet seg fra forfedre til etterkommere, akkumulerer det endringer i dets sekvenser. Vi kan deretter sammenligne hvor like hvert sekvenspar er og prøve å bygge det mest sannsynlige fylogenetiske treet.
Det er mange måter å prøve å finne det beste treet på. En måte er å søke blant alle mulige trær, score hver av dem og deretter velge treet med best poengsum. Dette er et spesielt stygt problem fordi antall trær som man må søke gjennom er astronomisk stort.
Hvis man på forhånd vet at en delmengde av arter danner en undergruppe som er nært beslektet, kan man begrense søkealgoritmen til å bare lete etter de trærne der denne delmengden av arter danner et undertre.
Denne begrensningen for topologien til det fylogenetiske treet er den fylogenetiske begrensningen. Ved å plassere slike begrensninger reduseres antall trær som søkealgoritmen må ta i betraktning, og reduserer dermed tiden som er brukt på å søke etter det beste treet. p>
Svar
Det er noen få misforståelser som er implisitte i spørsmålet ditt som jeg vil oppklare før jeg svarer.
Først er «Punctuated Equilibrium» egentlig ikke en «ny» teori. Darwin var klar over den muligheten for over 150 år siden. «Punctuated Equilibrium» er ikke et «alternativ» til Darwins teori, men en forbedring av den. P.E. uttaler i utgangspunktet at frekvensen av morfologisk endring ikke er konstant; noen ganger gjennomgår slekter raske morfologiske endringer når de er i mer utfordrende miljøer, og legger seg deretter ned i relativ morfologisk stasis når befolkningen blir godt egnet til det miljøet, så det er ikke en konstant, langsom, gradvis endring i morfologi, men en uregelmessig «Tempo» for å endre som noen ganger er raskere, noen ganger langsommere.
Hvis en befolkning for eksempel utvider seg fra en skog til et gressletter, vil individer som allerede er godt tilpasset skogen forbli ganske stabile, men befolkningen som flyttet til gresslettene vil forandre seg mye raskere.
Gresslettpopulasjonen endrer seg fortsatt «sakte» gjennom den darwinistiske prosessen med «gradualisme», men de endrer seg raskere enn sine «fettere» som forble i skogen. P.E. er bare en erkjennelse av at valg skjer i et annet “tempo” eller “hastighet” i noen miljøer enn i andre.
Second: The forestillingen om en «manglende lenke» er basert på en eldgammel (faktisk klassisk gresk) tro på en « Great Chain of Being , som ikke inkluderte muligheten av evolusjon i det hele tatt. Det var ganske enkelt en antagelse om at forskjellige arter kunne bli «rangert» i en rekkefølge av tilnærming til perfeksjon. Den antok at arter kunne sorteres i grupper i rekkefølge etter hvor mye vi liker dem, snarere enn i rekkefølgen av hvor nær relaterte de er. Den «store kjeden av å være» antok at alle arter var «faste og uforanderlige», og at vi hadde en eller annen måte å si at en hai var «bedre» enn en tiger, eller en kanin var «bedre» enn et epletre.
For det meste foreslo den «store kjeden av å være» at «hvis det er mer som meg, er det bedre, fordi jeg er kul og god.»
Det var menneskelig narsissisme, og ingenting mer.
Tredje: «Makro-evolusjon» er ikke noe mer, intet mindre og ingenting annet enn forståelsen for at en hel haug med små endringer kan utgjøre en stor forskjell. Hvis du tar et skritt, har du reist en «mikrotur». Hvis du tar 5000 trinn, har du gått en kilometer. En mil er ikke en annen slags avstand fra et trinn. Det er en forskjell på mengder trinn.